質問:
ＪＲ東日本と東海は仲がわるいということですが
具体的に他のＪＲと比べどこがどうわるいのですか？
どう不都合が生じるのですか？

またなぜ悪いのですか？
答え:
ＪＲ東海は東海道新幹線があるので何の努力をしなくても
利益は出ます。ＪＲ西日本も東海の殿様経営の犠牲者ですが
神戸･四国等から東京への集客、九州ー名古屋間の航空機との
競争のためには手を組むしかありません。
東日本の場合は特に手を組むメリットが西日本と比べて少ないので
東海も軽視しているんでしょうね。東海道新幹線と
東北･上越新幹線の相互利用なんて眼中にないでしょう。

まぁサービスを見ても全然違いますよ・・・

新幹線
東日本：ＭＡＸ導入による着席サービス向上
東海：のぞみ中心ダイヤで実質値上げ（速さは変わらず）
西日本：レールスター導入でスピード･車内サービスの向上

在来線（都市エリア）
東日本：新型車量の大量投入
東海：名古屋エリアなのに４両編成
西日本：エース車である新快速の強化（130km/h走行・福井県延伸）
他は答える:
ＪＲ東海は新幹線がドル箱ですから、協力なんてしなくて良いと考えているようです。

ですからＪＲ東日本とＪＲ西日本協力しているのに間の東海は仲間に入っていないと言うのもあるようです。
他は答える:
私の予測ですが

ＪＲ東日本：うちは東北・上越新幹線はもちろん、在来線にも力をいれている
ＪＲ東海：こっちは東海道新幹線があるから、売り上げは充分。

ＪＲ東日本：新車投入で混雑緩和・老朽化防止・利便性を図りたい。
ＪＲ東海：在来線は今のままで充分

ＪＲ東日本：東海道線の静岡直通を継続したい
ＪＲ東海：そんな銀ピカの電車は嫌だ

ＪＲ東日本：在来線利用客はどうするの？
ＪＲ東海：当社自慢の東海道新幹線のぞみをお使いください。

こんな会話が繰り広げられてたりして…。
他は答える:
品川の新幹線基地跡地に、新幹線の品川駅を作る際に、JR東日本に相談せず
土地の持ち主であった国鉄清算事業団？に直接話を持っていったことがきっかけで、JR東海とJR東日本の仲が悪くなったと聞いたことがあります。

JR東日本としては面子をつぶされたと思ったんでしょうか？

あとはほかの皆さんが書いてある通りではないでしょうか？

JR西日本とJR東日本は共通の企画切符（北陸方面等）があるのに
JR東海とJR東日本の共通の企画切符って思い当たりません。（京の遊きっぷぐらい？）

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